フッ素樹脂は主に炭素原子の鎖（-C-C-)が、ふっ素原子（Ｆ）で覆われた鎖状の高分子です。
Ｆ原子自体が水や他の物質に対して親和性を持たないため、フッ素樹脂は優れた撥水性を特徴としています。
フロロボンダーは、中に含まれているナトリウム原子（Ｎａ）の親ハロゲン性によってこの鎖からＦ原子を化学的に引き抜き、炭素原子(Ｃ)を二重結合などの電子不足の状態にします。
この状態のＣ原子は撥水性のＦ原子に囲まれていないので、それだけで親水性になりますが、更に処理液から出て空気に触れると、空気中の酸素、水素、湿気などにより電子不足が解消され、濡れ性や接着性のある官能基、例えば、ヒドロキシル基（-OH）、カルボキシル基（-COOH）、カルボニル基（=CO）などが形成されて、より一層の処理効果が発生します。